La ópera trata de un personaje llamado Sarastro que rapta a Pamina, la hija de la Reina de la Noche. El motivo era porque no veía conveniente la educación que estaba recibiendo por parte de ella. Al comienzo de este acto, un joven príncipe llamado Tamino corre tras una serpiente y ésta le ataca quedando inconsciente. Mientras está en el suelo llegan 3 damas, que trabajan para la Reina de la Noche, y que avisan a ésta. También aparece Papageno, un vendedor de pájaros que comerciaba con la Reina y que al despertar Tamino hace creerle que él le ha salvado. Después vuelven las 3 damas con una foto de la princesa Pamina, se la enseñan a Tamino y éste se enamora de ella y decide rescatarla con Papageno. La Reina les da una flauta mágica y un carrillo mágico para que les sea más fácil la misión. Van al castillo de Sarastro e intentan liberar a la princesa pero se lo impide Monostato, un sirviente que estaba enamorado de ella y que avisa a Sarastro. Después, Pamina le cuenta que el motivo de su huida era que Monostato le acosaba y entonces Sarastro manda que le den latigazos a Monostato. Poco después Pamina ve a Tamino y también se enamora de él, pero para que puedan irse juntos Sarastro impone a Tamino unas pruebas. Las pruebas fueron:
1ª: Tenía que evitar hablar con mujeres que aparecían y lo consiguieron, aunque Papageno estuvo hablando bastante tiempo. Durante esta prueba Pamina trata de hablar con su amado pero éste no le contesta para poder pasar la prueba. Tras esto Pamina cree que él ya no le quiere.
2ª y 3ª: Estas eran dos pruebas simbólicas en las que tenía que superar el fuego y el agua.
Las pruebas son superadas y Tamino consigue liberarla y casarse con ella. Durante el transcurso de la historia Papageno se enamoró de una criada del castillo llamada Papagena. Poco antes de terminar las pruebas La Reina de la Noche ordena a su hija que mate a Sarastro pero esta se niega.
Clasificaciones: Opera, Infantiles